Chính hoàng đế đã xác định các chủ trương chính trị. Johann Weikhard Auersperg bị lật đổ vào năm 1669 với tư cách là thủ tướng. Theo sau ông là Wenzel Eusebius Lobkowicz. Cả hai đã sắp xếp một số mối liên hệ với Pháp mà hoàng đế không hề hay biết. Năm 1674, Lobkowicz cũng bị loại bỏ.[13]

Trong việc quản lý lãnh địa của mình, Leopold nhận thấy những khó khăn chính nằm ở Hungary, nơi mà tình trạng bất ổn bị gây ra một phần bởi mong muốn tiêu diệt Đạo Tin lành và một phần do cái gọi là Âm mưu Magnate. Sự gia tăng đã bị dập tắt vào năm 1671 và trong một số năm, Hungary đã bị đối xử rất nghiêm khắc. Năm 1681, sau một cuộc nổi dậy khác, một số bất bình đã được xóa bỏ và một chính sách ít đàn áp hơn đã được thông qua, nhưng điều này không ngăn cản được người Hungary nổi dậy một lần nữa. Đánh giá nguyên nhân của các cuộc nổi loạn, nhà vua đã gửi một đội quân khổng lồ vào Áo vào đầu năm 1683; nó tiến gần như không bị kiểm soát đến Vienna, nơi bị bao vây từ tháng 7 đến tháng 9, trong khi Leopold trú ẩn tại Passau. Nhận thấy mức độ nghiêm trọng của tình hình có phần chậm chạp, một số Thân vương Đức, trong số đó có các Tuyển hầu xứ Sachsen và và Bayern, dẫn đội quân của họ đến Quân đội Hoàng gia, được chỉ huy bởi anh rể của hoàng đế, Charles, công tước xứ Lorraine, nhưng đồng minh đáng sợ nhất của Leopold là vua của Ba Lan, John III Sobieski, người vốn đã bị người Thổ Nhĩ Kỳ khiếp sợ. Các lực lượng Áo chiếm lâu đài Trebišov vào năm 1675, nhưng vào năm 1682 Imre Thököly đã chiếm được nó và sau đó chạy trốn khỏi các cuộc tấn công liên tục của quân Áo, vì vậy họ đã cho nổ tung lâu đài, khiến nó trở thành đống đổ nát. Họ chạy trốn khi được cho là quân nổi dậy Hungary dưới sự chỉ huy của Imre Thököly, hợp tác với người Thổ Nhĩ Kỳ, và cướp phá thành phố Bielsko vào năm 1682. Năm 1692, Leopold từ bỏ quyền sở hữu tài sản, trao quyền của mình bằng cách tặng cho Theresia Keglević.[14][15]

Ông cũng trục xuất các cộng đồng Người Do Thái khỏi lãnh thổ của mình, ví dụ như cộng đồng Do Thái ở Viên, từng sống trong một khu vực được gọi là "Im Werd" bên kia kênh Danube. Sau khi người Do Thái bị trục xuất, với sự ủng hộ của dân chúng, khu vực này được đổi tên thành Leopoldstadt thay cho một lời tạ ơn Hoàng đế. Nhưng Frederick William I, Tuyển đế hầu xứ Brandenburg, đã ban hành một sắc lệnh vào năm 1677, trong đó ông tuyên bố sự bảo vệ đặc biệt của mình đối với 50 gia đình của những người Do Thái bị trục xuất này.[1]